Escrito por: Rafael Caribé, CEO, Agilize
Principais lições deste artigo
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O ISS para ME e EPP no Simples Nacional geralmente está embutido no DAS, exceto quando há retenção pelo tomador ou quando a empresa ultrapassa o sublimite estadual.
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Identificar corretamente o anexo do Simples Nacional (III, IV ou V) e o CNAE evita erro de alíquota e reduz o risco de bitributação.
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Registrar a retenção de ISS pelo tomador no PGDAS-D impede que o imposto seja cobrado novamente no DAS.
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Consultar a alíquota municipal vigente e preencher a NFS-e com atenção garante maior segurança na regularidade fiscal.
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Para simplificar cálculo, emissão de NFS-e e apuração do DAS, use o suporte especializado da Agilize Contabilidade: fale com um especialista.
Pré-requisitos e visão geral
Calcular o ISS com segurança exige alguns dados básicos da empresa.
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CNPJ ativo e enquadrado no Simples Nacional
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CNAE principal e secundários da empresa
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Acesso ao portal da prefeitura do município onde os serviços são prestados
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Acesso ao PGDAS-D no Portal do Simples Nacional
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Certificado digital E-CNPJ A1, obrigatório para emissão de NFS-e em muitos municípios
O fluxo geral segue uma ordem simples: a empresa identifica seu anexo do Simples Nacional (III, IV ou V para serviços), consulta a alíquota municipal, emite a NFS-e com os dados corretos, apura o DAS mensalmente no PGDAS-D e registra eventuais retenções para evitar cobrança em duplicidade.

A escrituração contábil regular é exigência legal para ME e EPP. Contar com um contador é obrigatório, e a Agilize Contabilidade assume essa rotina para que você concentre seu tempo na gestão e no crescimento do negócio.
Configure tudo corretamente desde o início com a ajuda de um especialista da Agilize Contabilidade.
Tutorial passo a passo
Passo 1: identifique o anexo do Simples Nacional da sua atividade
Definir o anexo correto é o primeiro filtro para chegar ao ISS certo dentro do DAS. Serviços no Simples Nacional se enquadram nos Anexos III, IV ou V. O Anexo IV inclui serviços com contribuição previdenciária patronal adicional, como limpeza e vigilância. O Anexo V abrange serviços de natureza intelectual, como programação e advocacia. O Anexo III cobre serviços em geral.
Para atividades sujeitas ao Fator R, o anexo pode alternar entre III e V a cada mês, conforme a relação entre folha de pagamento e receita bruta acumulada nos últimos 12 meses. O ISS está presente nos Anexos III, IV e V, e o anexo correto pode ser confirmado ao simular a emissão de NFS-e no portal municipal ou ao consultar o PGDAS-D.
Passo 2: consulte a alíquota municipal de ISS
Conhecer a alíquota do município evita surpresas na hora de emitir a nota e de conferir o DAS. A alíquota de ISS é definida por cada município, dentro do intervalo legal de 2% a 5%. A tabela abaixo mostra que, mesmo dentro desse intervalo, as capitais podem adotar faixas diferentes conforme a atividade, por isso é essencial consultar o portal oficial do seu município.
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Município |
Alíquota ISS (faixa) |
Onde consultar |
|---|---|---|
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São Paulo, SP |
2% a 5% |
Portal ISS.NET SP / NFS-e municipal |
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Rio de Janeiro, RJ |
2% a 5% |
Portal Nota Carioca |
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Belém, PA |
5% |
Portal da Prefeitura de Belém |
A alíquota exata depende do CNAE da atividade e da legislação municipal vigente. Consulte sempre o portal oficial da prefeitura do município onde o serviço é prestado.
Passo 3: aplique a fórmula oficial
O cálculo do ISS segue uma fórmula simples.
ISS = valor bruto do serviço × alíquota municipal
Exemplo: uma empresa de desenvolvimento de software em São Paulo emite uma NFS-e de R$ 10.000,00. Com alíquota de 2%:
ISS = R$ 10.000,00 × 2% = R$ 200,00
No Simples Nacional, esse valor geralmente está embutido no DAS, exceto quando a empresa excede o sublimite estadual. Nessa situação, o ISS passa a ser recolhido diretamente ao município, com cálculo automático pelo PGDAS-D conforme a faixa de receita bruta acumulada e o anexo aplicável.
Passo 4: verifique a retenção na fonte pelo tomador
Confirmar se houve retenção evita que o mesmo ISS seja pago duas vezes. A retenção de ISS funciona como substituição tributária: o tomador desconta o imposto do valor bruto da nota e recolhe diretamente ao município em nome do prestador, conforme a LC nº 116/2003. A obrigação de reter depende da legislação municipal do tomador.
Checklist de retenção de ISS no Simples Nacional:
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☐ O tomador é pessoa jurídica?
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☐ A lei municipal do tomador exige retenção para o seu CNAE?
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☐ O serviço foi prestado fora do município sede da sua empresa?
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☐ A NFS-e está marcada com “ISS retido pelo tomador”?
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☐ O valor retido foi registrado no PGDAS-D para não ser cobrado no DAS?
Quando o prestador é optante do Simples Nacional, a retenção deve ser registrada no PGDAS-D durante a apuração mensal. Esse registro impede que o DAS cobre novamente o mesmo ISS.
Passo 5: preencha a NFS-e corretamente
Um preenchimento correto da NFS-e reduz o risco de erro em toda a apuração. No Emissor Nacional, selecione “ISS retido pelo tomador” quando for o caso, informe o município de prestação do serviço e insira a alíquota correta. O sistema calcula automaticamente o valor retido.

Erros comuns nessa etapa incluem não marcar a retenção quando ela é obrigatória e usar a alíquota do município errado. Esses deslizes podem gerar bitributação ou inconsistências fiscais.
Passo 6: apure o DAS no PGDAS-D
Registrar corretamente as receitas e retenções no PGDAS-D garante que o DAS traga apenas o ISS devido. Acesse o PGDAS-D mensalmente, informe a receita bruta por atividade e registre os valores de ISS já retidos na fonte. O sistema recalcula o DAS descontando o ISS retido, o que evita pagamento em duplicidade. O DAS deve ser pago até o dia 20 do mês seguinte à competência.

Dicas práticas: guarde os comprovantes de retenção emitidos pelo tomador. Esses documentos comprovam que o ISS foi recolhido e podem ser exigidos em fiscalização municipal.
Erros comuns: deixar de registrar a retenção no PGDAS-D é o problema mais frequente e resulta em pagamento duplo do ISS. Outro erro recorrente é usar a alíquota do município-sede da empresa quando o serviço foi prestado em outro município.
Evite erros de apuração e bitributação: fale com um especialista da Agilize Contabilidade.
Como saber se deu certo?
Conferir alguns pontos simples mostra se o cálculo e a apuração ficaram corretos.
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O DAS gerado no PGDAS-D reflete o ISS apenas sobre a parcela não retida
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A NFS-e emitida indica corretamente se há ou não retenção
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O valor líquido recebido do tomador corresponde ao valor bruto da nota menos o ISS retido
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Não existe guia de ISS avulsa para o mesmo período em que houve retenção total
Sinais de alerta: se o DAS apresentar ISS integral mesmo com retenção registrada na NFS-e, existe erro no preenchimento do PGDAS-D. Se o tomador reteve e a empresa também pagou ISS no DAS sobre o mesmo serviço, ocorreu bitributação, situação que exige correção imediata junto à prefeitura e ao contador.
Dicas avançadas e próximos passos
Empresas sujeitas ao Fator R precisam acompanhar mensalmente a relação entre folha de pagamento e receita bruta. Essa variação define se a empresa fica no Anexo III ou no Anexo V e altera a alíquota efetiva do ISS dentro do DAS.
Empresas com clientes em múltiplos municípios precisam mapear as legislações locais de cada tomador. A obrigação de reter depende da lei municipal do tomador, independentemente do regime tributário do prestador.
A Lei Complementar nº 214/2025 introduziu reduções progressivas nas alíquotas municipais de ISS a partir de 2029, no contexto da Reforma Tributária. Acompanhar essas mudanças faz parte da rotina que a Agilize Contabilidade gerencia para seus clientes.
Alguns temas se conectam diretamente ao cálculo do ISS: obrigações fiscais, escolha do regime tributário e Reforma Tributária no Simples Nacional.
FAQ
O ISS já está incluído no DAS do Simples Nacional?
Sim, conforme explicado no passo 3. Para ME e EPP optantes pelo Simples Nacional, o ISS geralmente compõe o DAS, e a exceção ocorre quando a empresa excede o sublimite estadual. Nessa situação, o ISS deve ser recolhido diretamente ao município por meio de guia separada.
Quando o tomador retém o ISS, a empresa ainda paga no DAS?
Não, desde que a retenção seja registrada corretamente no PGDAS-D. Ao informar o valor de ISS retido na fonte durante a apuração mensal, o sistema desconta esse montante do DAS e evita pagamento em duplicidade. O erro mais comum é não registrar a retenção, o que resulta em bitributação.
Como identificar a alíquota de ISS correta para minha atividade?
A alíquota de ISS é definida por cada município e varia entre 2% e 5%, conforme a atividade e a legislação local. Para identificar a alíquota correta, consulte o portal oficial da prefeitura do município onde o serviço é prestado, utilizando o CNAE da sua empresa. Em caso de dúvida, o contador pode verificar essa informação diretamente no sistema de emissão de NFS-e do município.
O Fator R afeta o cálculo do ISS no Simples Nacional?
Sim, para atividades sujeitas a essa regra. O Fator R determina se a empresa se enquadra no Anexo III ou no Anexo V do Simples Nacional em cada período. Como a alíquota efetiva e a parcela de ISS dentro dela variam entre esses anexos, o Fator R impacta diretamente o valor de ISS embutido no DAS. O cálculo é feito automaticamente pelo PGDAS-D, mas exige acompanhamento mensal para garantir o enquadramento correto.
Quais são as consequências de calcular o ISS de forma incorreta?
Um cálculo incorreto de ISS pode gerar autuações municipais, multas e juros sobre o valor devido. Em São Paulo, por exemplo, a falta de retenção pelo tomador pode resultar em multa de até 100% do imposto devido. Para a empresa prestadora, erros no preenchimento da NFS-e ou no PGDAS-D podem causar bitributação, inconsistências fiscais e irregularidade do CNPJ, o que compromete contratos e o relacionamento com clientes corporativos.
Conclusão
Calcular o ISS corretamente para ME e EPP no Simples Nacional envolve identificar o anexo e o CNAE, consultar a alíquota municipal, aplicar a alíquota sobre o valor bruto da nota e tratar a retenção pelo tomador no PGDAS-D para evitar pagamento em duplicidade no DAS. Cada etapa influencia a regularidade fiscal da empresa e o valor efetivamente pago em tributos.
A Agilize Contabilidade cuida de todo esse processo: cálculo do ISS, emissão e importação de NFS-e, apuração do DAS, registro de retenções e obrigações acessórias. Dessa forma, você direciona sua energia para o crescimento do negócio.
Deixe toda a rotina contábil com a Agilize Contabilidade e foque no crescimento da sua empresa.